وكان المرشح الرئاسي السابق الفريق أحمد شفيق، تقدم ببلاغ ضد لجنة انتخابات الرئاسة في 2012، يتهمها بتزوير نتيجة الانتخابات لمصلحة مرشح تنظيم الإخوان محمد مرسي، بإعلانه رئيساً للجمهورية، رغم أحقيته بالفوز والرئاسة اعتماداً على إجمالي الأصوات التي حصل عليها.
وكشفت تحقيقات قاضي التحقيق في القضية وجود مخالفات بالجملة، تتعلق بتزوير أوراق الاقتراع وتسويدها، وتزوير بطاقات الرقم القومى للناخبين، وضبط عدد كبير من بطاقات الاقتراع المؤشر عليها لمصلحة أحد المرشحين قبل تسليمها للجان القضائية المشرفة على الانتخابات، وذلك في 16 محافظة.